Para comprobar si Network Manager está gestionando alguna interface de red usaremos nmcli. (Viene incluido en Network Manager)
Estas instruciones estan probadas en un entorno Debian o basados en él (como Kali Linux)
$ nmcli dev status
Si en el apartado aparece que un dispositivo esta en un estado de unmanaged no está siendo gestionado por Network Manager, sin embargo si aparece otro valor como connected si que está siendo gestionado.
Para desactivar Network Manager hay que ejecutar:
$ sudo /etc/init.d/network-manager stop
$ sudo update-rc.d network-manager remove